Notre équipe développe, dans le cadre du pôle « Systèmes d’information » de l'équipe EPAR, des programmes impliquant les technologies internet, en collaboration avec des équipes cliniques qui ont des besoins informatiques qu’ils ne peuvent résoudre seuls. Nous avons ainsi développé des sites pour mieux connaitre certaines maladies chroniques (spondylarthrite ankylosante et vascularites) : site Coenv, en collaboration avec le Pr Thomas Hanslik, Médecine interne, Ambroise Paré), ou réaliser des études de recherche clinique :

  • site e-corons en collaboration avec le Cirnord, pour l’étude Corons
  • site e-rare, pour l’étude de l’usage des radios dans les services de réanimation en collaboration avec le Pr Bertrand Guidet.

Mais notre programme le plus important est le développement d’un dossier patient informatisé, entièrement configurable et adaptable aux besoins des utilisateurs. Il s’inscrit dans le cadre d’un projet de recherche INSERM, conduit par le Pr Annick Clément (UMR-S 719, Hôpital Armand-Trousseau, AP-HP) ayant pour but de trouver les gènes modificateurs impliqués dans la mucoviscidose. Ce projet, d’une part, implique évidemment une étude génétique, mais aussi de recueillir le plus de données phénotypiques possibles sur les patients. Comme la mucoviscidose est une maladie rare (6000 cas en France environ), et que le gène impliqué (CFTR) a de nombreuses mutations connues, il est indispensable de pouvoir regrouper le plus de patients possibles. Il faut savoir que les patients atteints de mucoviscidose ont l’obligation de consulter au moins une fois par an dans un des 49 Centres de Ressource et de Compétence pour la Mucoviscidose (CRCM), et qu’il existe une Fédération des CRCM. Cette fédération s’est jointe à ce projet et a décidé de regrouper toutes les données dans une base de données centralisée et unique.

Nous développons cette base nationale (e_MucoNat). La plupart des CRCMs n’étaient pas informatisés, mais quelques un l’étaient déjà. Afin de ne pas perdre l’existant de ces derniers, il a été décidé que chaque CRCM aura son propre dossier patient local, et qu’il enverra à intervalles prédéfinis les données des patients vers une base nationale unique (e-MucoNat, hébergée et maintenue par l’UMR-S 707). Cette base répond aux exigences d’anonymat, d’intégrité des données lors du transfert, d’exhaustivité des données, et dans la mesure du possible, d’exhaustivité des patients. Elle est mise à la disposition de la communauté médicale et scientifique pour la réalisation de projets de recherche clinique. L’alimentation de cette base se fera en envoyant vers la base nationale des fichiers au format XML, un standard très utilisé sur le Web.

Pour permettre aux CRCM non informatisés de participer à ce projet, nous avons développé e-Muco, un dossier patient rempli grâce à un navigateur (Firefox de préférence), qui alimente une base données locale, et est capable d’envoyer les fichiers XML pour alimenter la base nationale. e-Muco est une application Internet pour le recueil des données cliniques et le suivi des patients, composée d’une base de données et d’une interface Web fortement sécurisée, avec accès par mot de passe et, en fonction des différents corps de métier, adapte des droits d’accès spécifiques aux différentes parties du site.

L'application sert aux médecins lors de leurs consultations. e-Muco est complètement configurable (logos, couleurs, liens, etc.). Les patients sont inclus après une recherche de doublons performante, ce qui permet ensuite de créer leur dossier clinique, qui comprend les antécédents personnels et familiaux, un carnet d’adresses (contacts familiaux, médicaux, paramédicaux), les événements annuels, la génétique, les vaccinations, puis à chaque consultation, une fiche clinique d’observation, avec les examens complémentaires (EFR, microbiologie, anatomo-pathologie, iconographie, biochimie, etc…), les traitements et l’édition des ordonnances et courriers divers. Afin de permettre une exploitation pour la recherche, le texte libre est minimisé et tous les formulaires présentent surtout des entrées contraintes (listes déroulantes, boutons ou cases à cocher, avec gestion des réponses obligatoires et alertes en cas de valeurs anormales, bulles d’aide, etc). Un suivi temporel de paramètres sélectionnés (graphiques et tableaux de valeurs) est également disponible. Le site se divise en deux parties distinctes, avec un accès utilisateur, par le personnel médical ou paramédical, qui permet l'ajout de patients, la consultation et la modification de leurs données, l'impression des comptes-rendus et des ordonnances, courriers, etc. L’autre partie est réservée à l’administrateur, et permet la gestion des utilisateurs (ajout, suppression, définition de leurs droits…), de la base de données, des sauvegardes et de la configuration. Enfin, un assistant de création de requêtes SQL multicritères permet d’interroger finement la base de données.

e-Muco a été développé pour fournir aux CRCMs un outil aisément adaptable aux besoins locaux, complètement configurable, avec une sécurisation importante et une ergonomie optimisée. Il est actuellement installé et utilisé dans 17 CRCM en France.

Son adaptabilité a permis de le décliner en plusieurs avatars pour d’autres maladies. En particulier, à l’occasion de la récente création du Centre de référence des maladies respiratoires rares (Pr Annick Clément, Armand-Trousseau, Pr Jacques De Blic, Necker), e-Muco est en cours de déclinaison en e-Pi (pathologies interstitielles), e-cil (dyskinésies ciliaires) et bientôt pour les malformations pulmonaires et les insuffisances respiratoires chroniques infantiles. D’autres déclinaisons sont également en phase de test, avec e-dbai (dermatoses bulleuses auto-immunes avec le Pr Jean-Claude Roujeau, Créteil) et en phase d’élaboration pour les troubles bipolaires (Pr Marion Leboyer, Créteil). Ces divers avatars d’e-Muco se valorisent mutuellement, en ce sens qu’une fonctionnalité ajoutée pour une maladie (l’ajout de photos pour les dermatoses par exemple) permet d’en faire profiter les autres lors de la version suivante (les photos sont des coupes d’anatomo-pathologie pour e-pi par exemple). Enfin, le développement des e-Muco et de ses avatars utilise les mêmes outils de développement, suivis de problèmes, règles d’écriture, que ceux utilisés pour Sentiweb, en s’inter valorisant les uns les autres.

Ces outils sont écrits en PHP et reposent sur l’utilisation de bases de données MySQL. Outre les fonctions habituelles d’un dossier patient, ils permettent la gestion de carnets d’adresses, la réalisation des ordonnances, courriers et comptes-rendus divers, la recherche multicritères, la gestion fine des droits et une sécurisation importante, toute en offrant une ergonomie très conviviale. Ils permettent également l’export des données au format CSV et XML.

e-muco est donc destiné aux patients atteints de mucoviscidose (Pr A. Clément, Hôpital Armand-Trousseau). Il est installé dans 10 CRCM et en cours d’installation dans 5 CRCM en France. Ils alimentent des bases MySQL locales, et envoient bisannuellement leurs données anonymisées dans la base nationale (e-MucoNat) hébergée sur les serveurs de l’UMR-S 707. Cette base nationale sera alimentée pour l’ensemble des 49 CRCM à partir de e-muco et des 2 autres logiciels existant dans les CRCM (gulper et mucodoméos).

De plus, nous avons étroitement collaboré à l’élaboration du registre français de la mucoviscidose (RFM) en cour de constitution en partant de l’observatoire national de la mucoviscidose (ONM) maintenu jusqu’à présent par l’INED, jusqu’à présent renseigné par le biais de questionnaires papier remplis manuellement par les médecins des CRCM en colligeant les données dans les dossiers. Nous avons permis travaillé à l’alimentation automatique du futur RFM directement à partir des dossiers de e-muco et des 2 autres logiciels en développant le modèle de fichier XML permettant de remplir la base de données du RFM.

L’expertise que nous avons acquise, et le succès obtenu par e-muco, désormais pleinement opérationnel, fait qu’une importante demande de collaborations s’est faite jour. L’ergonomie, la souplesse d’adaptation, les possibilités d’export, etc., ont conduit plusieurs autres services ou unités de recherche à vouloir l’adopter, et c’est ainsi que sont nés plusieurs avatars de cet outil.

De ce fait nous allons développer ou sommes en train de développer des outils permettant de gérer des dossiers cliniques pour des patients atteints de maladies spécifiques, rares ou moins rares. Ces dossiers cliniques seront accessibles par le Web et seront complètement configurables en fonction des maladies et habitudes des utilisateurs.

    1. e-dbai est destiné aux patients atteints de dermatose bulleuse auto-immune (Pr JC Roujeau, Hôpital Henri Mondor et Hôpital Saint-Louis). Il suit le même principe que e-muco (bases locales et base nationale). Il est en phase de test.
    2. e-Pi est destiné aux patients atteints de pathologie intersticielle (Pr A. Clément, Centre de référence des maladies pulmonaires rares, Hôpital Armand-Trousseau). Il s’agit d’une maladie très rare, et il rempli d’emblée une base nationale hébergée sur les serveurs de l’UMR-S 707. Il est en production.
    3. e-Dev est destiné aux patients atteints de malformation pulmonaire (Pr A. Clément, Centre de référence des maladies pulmonaires rares, Hôpital Armand-Trousseau). Il s’agit d’une maladie très rare, et il rempli d’emblée une base nationale hébergée sur les serveurs de l’UMR-S 707. Il est en production.
    4. e-Cil est destiné aux patients atteints de dyskinésie ciliaire (Pr A. Clément, Centre de référence des maladies pulmonaires rares, Hôpital Armand-Trousseau). Il s’agit d’une maladie très rare, et il rempli d’emblée une base nationale hébergée sur les serveurs de l’UMR-S 707. Il est en production.
    5. e-R est destiné aux patients atteints d’insuffisance respiratoire chronique de l’enfant (Pr A. Clément, Centre de référence des maladies pulmonaires rares, Hôpital Armand-Trousseau). Il s’agit d’une maladie très rare, et il rempli d’emblée une base nationale hébergée sur les serveurs de l’UMR-S 707. Il est en production.
    6. e-MICI est destiné aux patients atteints de maladie inflammatoire chronique intestinale (Pr JP Gendre, Hôpital Saint-Antoine). Il s’agit de remplir une base locale unique dans un premier temps. Il est en production.
    7. e-ferma est destiné à l'enquête FERMA menée par Marion Flamant-Hulin dans le cadre de sa thèse. Il est enproduction.
    8. e-BPCO est destiné au suivi des BPCO en collaboration avec le Pr . C. Chouaid. Il est en pahse de développement.
    9. e-hpbchir est destiné au suivi de la chirurgie hépato-bilio-pancréatique avec les Pr O. Farges (Beaujon) et D. Castaing (Paul-Brousse). Il est en production.

Les 3 suivants ne concernent pas des maladies rares. Ils se mettent en place dans le cadre du RTRS Santé Mentale labellisé par le ministère de la recherche le 6 février 2007 dont le premier conseil d'administration qui a eu lieu le 6 juillet a validé la création d’une fondation de coopération scientifique appelée « FondaMental » dont la directrice est le Pr Marion Leboyer, Créteil. Ces trois déclinaisons de e-muco permettront d’assurer le suivi des patients concernés ainsi que les recherches sur les pathologies concernées.

      1. e-bipolar est destiné aux patients atteints de troubles bipolaires Il suit le même principe que e-muco (bases locales et base nationale). Il est en phase de test.
      2. e-schizo est destiné aux patients atteints de schizophrénie. Il suivra le même principe que e-muco (bases locales et base nationale). Nous en sommes à la phase de définition des besoins par les médecins futurs utilisateurs.
      3. e-autis est destiné aux patients atteints d’autisme intelligent ou syndrome d’Aegerter (RTRS Santé Mentale, Pr M. Leboyer, INSERM UMR-S 841, Créteil). Il suit le même principe que e-muco (bases locales et base nationale). Nous en sommes à la phase de définition des besoins par les médecins futurs utilisateurs.

Ainsi un nombre important de bases de données précieuses devra être hébergé sur notre site sécurisé. Nous rappelons notre politique de sécurité. L’ensemble des serveurs de l’UMR-S 707 sont situés dans la salle 807, sise au 8ème étage du bâtiment universitaire du site Saint-Antoine de la Faculté de Médecine Pierre et Marie Curie (UPMC). Cette salle est climatisée et possède deux onduleurs pour palier aux éventuelles pannes de courant. De plus, notre site est dupliqué sur le CCRE de Jussieu. En conséquence, pour chaque projet, ou groupe de projets, un serveur dédié est ou devra être installé, ainsi qu’un serveur de base de données. Ces serveurs sont ou devront être doublés au niveau de notre site miroir hébergé par le CCRE à Jussieu. Notre site et le CCRE sont reliés par une fibre optique et toutes les données d’une machine est répliquée en temps réel sur son miroir distant. En cas d’arrêt du site Saint-Antoine, le basculement vers le site miroir est automatique ainsi que le retour à la fin de la panne.

L’ensemble de ces données étant sensibles et devant être pérennes, la certification ISO 9001 V2000 du Réseau Sentinelles, dont le périmètre de certification comprend les serveurs informatiques sécurisés, est un critère important.